ചലച്ചിത്ര സംവിധായകന്, തിരക്കഥാകൃത്ത് എന്നീ നിലകളിലെല്ലാം പ്രശസ്തനാണ് പ്രൊഫസര് ശിവപ്രസാദ്. വിക്രമോര്വശീയത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കി സംവിധാനം ചെയ്ത പുരൂരവസ്സ് എന്ന ചിത്രമാണ് ആദ്യമായി സംവിധാനം ചെയ്ത ചിത്രം. 1985ല് പ്രദര്ശനത്തിനെത്തിയ ചിത്രം മലയാളത്തിലെ ആദ്യത്തെ അതിന്ദ്രീയ സിനിമ എന്ന വിശേഷണമുള്ള ചിത്രമായിരുന്നു. 1990ല് വേമ്പനാട് എന്ന ചിത്രം സംവിധാനം ചെയ്തു. വേമ്പനാട് കായലിലെ മത്സ്യ ബന്ധന തൊഴിലാളികളുടെ ജീവിതമാണ് ചിത്രം അവതരിപ്പിച്ചത്. സാമൂഹിക പ്രശ്നം അവതരിപ്പിച്ച ചിത്രത്തിന് സംസ്ഥാന സര്ക്കാര് അവാര്ഡ് ലഭിച്ചു.
1994ല് സംവിധാനം ചെയ്ത ഓര്മ്മയുടെ തീരങ്ങളില് എന്ന നോണ് ഫീച്ചര് ചിത്രത്തിന് ദേശീയ ചലച്ചിത്ര അവാര്ഡ് ജൂറിയുടെ പ്രത്യേക പുരസ്ക്കാരം ലഭിച്ചു. കേരളത്തിലെ നക്സല് പ്രസ്ഥാനങ്ങളുടെ പശ്ചാത്തലത്തില് 2002ല് ചെയ്ത ഭേരി എന്ന സിനിമ ഏറെ വ്യത്യസ്തത നിറഞ്ഞതായിരുന്നു. നക്സല് പ്രസ്ഥാനത്തിന് നേതൃത്വം നല്കിയ ഗ്രോ വാസുവിനെ പോലുള്ള ആളുകള് ചിത്രത്തില് അഭിനയിച്ചിട്ടുണ്ട്. 2004ല് കുഞ്ചാക്കോ ബോബന്, ഉമാശങ്കരി, ജയപ്രദ, ലാല് എന്നിവരെ പ്രധാന കഥാപാത്രങ്ങളാക്കി ഈ സ്നേഹതീരത്ത് എന്ന ചിത്രം സംവിധാനം ചെയ്തു. എ ബി സി ക്രിയേഷന്സിന്റെ ബാനറില് പ്രസാദ് ആണ് ചിത്രം നിര്മ്മിച്ചത്. ചിത്രത്തിലെ അഭിനയത്തിന് കുഞ്ചാക്കോ ബോബന് ആ വര്ഷത്തെ പ്രത്യേക ജൂറി അവാര്ഡ് ലഭിച്ചു.
2012ല് സംവിധാനം ചെയ്ത സ്ഥലം എന്ന ചിത്രം ഒരു പരിസ്ഥിതി സിനിമയായിരുന്നു. പരിസ്ഥിതി പ്രവര്ത്തകന് കല്ലേന് പൊക്കുടനാണ് ചിത്രത്തിലെ പ്രധാന കഥാപാത്രത്തെ അവതരിപ്പിച്ചത്. സാമൂഹിക വിഷയങ്ങളെ മുന്നിര്ത്തിയാണ് ശിവപ്രസാദ് ഒട്ടുമിക്ക ചിത്രങ്ങളും സംവിധാനം ചെയ്തത്. അതുകൊണ്ടുതന്നെ അതൊക്കെയും ഏറെ ചര്ച്ചചെയ്യപെടുകയും ചെയ്യ്തിട്ടുണ്ട്. 2017ല് പ്രദര്ശനത്തിനെത്തിയ സ്ഥാനം എന്ന ചിത്രമാണ് അവസാനമായി സംവിധാനം ചെയ്ത ചിത്രം. വിനു മോഹന്, മധു, ജോയ് മാത്യു എന്നിവരായിരുന്നു ചിത്രത്തിലെ പ്രധാന അഭിനേതാക്കള്. ചലച്ചിത്രങ്ങള്ക്കു പുറമെ എണ്പതിലധികം ഷോര്ട്ട് ഫിലിമുകള്, ഡോക്യുമെന്ററികള്, ടി വി സീരിയലുകള്, പരസ്യ ചിത്രങ്ങള് എന്നിവയും സംവിധാനം ചെയ്തിട്ടുണ്ട്.